I''m missing something and I can''t tell where I''m going wrong. I''ve deployed a number of modules to my tomcat server. I''ve validated the modules and have started to call the applications. I''m trying to debug a problem but when I go to Tomcat manager and try to view the Trace and Report log I''m not getting anything logged to the Trace file. 

In DD when I run the simulation the trace file captures everything that it should be. Why does it not work on the application server?

Did you enable tracing when you setup the application on the platform (IR or VP?)

Your entry should look like this:
http://<myserver>:8080/<myapp>/Start?ddtrace=true

Did you make any changes to your data/ddlog4j.properties file?

Are you deploying to the same Tomcat server that you ran simulation on?  If so, make sure you remove the context from DD first by right clicking your application choose tomcat project->Remove context definition.